Pada awal pelaksanaan tugas Kabinet Persatuan Pembangunan tahun pertama era pemerintahan Presiden Gus Dur (Periode 1999-2004) dalam susunan kabinet yang ditetapkannya, nama organisasi Departemen Kehakiman diganti menjadi Departemen Hukum dan Perundang-undangan, sesuai dengan Keputusan Presiden Nomor 136 Tahun 1999 tentang Kedudukan, Tugas, Fungsi, Susunan Organisasi dan Tata Kerja Departemen.

Nama organisasi Departemen Hukum dan Perundang-undangan diambil dari dan atau sebelumnya dipakai sebagai nama salah satu unit satuan eselon I pada Departemen Kehakiman, yaitu Direktorat Jenderal Hukum dan Perundang-undangan. Hal ini berakibat kepada penentuan tujuan, visi, misi, rencana strategis, program kerja dan pelaksanaan yang akan ditetapkan kemudian. Oleh karena itu terjadi pengembangan dan pemekaran organisasi dan tata kerja secara menyeluruh baik di tingkat satuan kerja unit eselon I, II, III maupun IV. Dengan adanya nomenklatur yang sama antara Departemen dengan unitnya, maka nomenklatur Direktorat Jenderal Hukum dan Perundang-undangan harus diadakan perubahan.

Pada tanggal 5 April 2000, Menteri Hukum dan Perundang-undangan mengeluarkan Keputusan Menteri Hukum dan Perundang-Undangan Nomor M.03-PR.07.10 Tahun 1999 tentang Organisasi dan Tata Kerja Departemen Hukum dan Perundang-undangan. Dengan keputusan Menteri ini Direktorat Hukum dan Perundang-undangan dimekarkan menjadi menjadi 2 (dua) Direktorat Jenderal baru yaitu Direktorat Jenderal Peraturan Perundang-undangan dan Direktorat Jenderal Administrasi Hukum Umum pada tingkat satuan unit eselon I. Hal ini dimaksudkan untuk mendukung posisi dan peran Departemen Hukum dan Perundang-undangan sebagai law centre serta untuk meningkatkan pelayanan hukum pada masyarakat, karena beban pekerjaan Direktorat Jenderal Hukum dan Perundang-undangan, baik yang bersifat substansif maupun teknis, sangat kompleks dan bervariasi.

Direktorat Jenderal Administrasi Hukum Umum hanya akan menangani dan melaksanakan tugas dan fungsi yang bersifat pelayanan. Sedangkan Direktorat Jenderal Peraturan Perundang-undangan akan menangani dan melaksanakan tugas di bidang penyusunan peraturan perundang-undangan

Nama Direktorat Jenderal Administrasi Hukum Umum dipilh karena mencangkup tujuan dan sasaran yaitu melaksanakan tugas terhadap pelayanan hukum pada masyarakat, dengan pertimbangan teknis bahwa bidang pelayanan hukum yang terdiri dari Direktorat Perdata, Direktorat Pidana, Direktorat Tata Negara dan Direktorat Hukum Internasional mencangkup hampir semua bidang hukum secara umum.

Pada Direktorat Jenderal Administrasi Hukum Umum terdapat 1 (satu) Sekretariat dan 5 (lima) Direktorat yang kedudukannya setingkat eselon II. Penjabaran lebih lanjut organisasi dan tata kerja Direktorat Jenderal Administrasi Hukum Umum terdapat dalam Keputusan Menteri Hukum dan Perundang-undangan dan dari hitungan jumlah unit organisasi tidak mengalami perubahan. Namun dari segi substansi pelaksanaan tugas mengingat pertimbangan beban kerja dan fungsi daktiloskopi yang semakin meningkat, maka dikembangkan menjadi satuan organisasi setingkat eselon II (Direktorat). Hal ini tentunya amat berpengaruh terhadap unit satuan kerja yang berada dibawahnya.

Berdasarkan Peraturan Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia Republik Indonesia Nomor 29 Tahun 2015 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Kementerian Hukum dan Hak Asasi Manusia Republik Indonesia, Direktorat Daktiloskopi diganti dengan Direktorat Teknologi Informasi. Dengan demikian jumlah unit satuan kerja setingkat eselon II pada Direktorat Jenderal Administrasi Hukum Umum sama dengan sebelum adanya pemekaran. Hal yang baru adalah Sub Direktorat Teknologi Informasi yang melaksanakan sebagian tugas Direktorat Jenderal Administrasi Hukum Umum di bidang teknologi informasi.